Для управления структурой каталога товаров - категорий, используйте раздел Категории.
В боковом меню кликните на раздел Каталог. Откроется контекстное меню, в котором можно выбрать пункт Категории:

Структура каталога отображается в дополнительном сайдбаре:

Cтруктуру категорий можно изменять простым перетаскиванием элементов по дереву категорий, переподчиняя и изменяя их уровни.
Рядом с названием категорий указано количество товара - цифра в скобках.
Все товары не имеющие категории собраны в пункте "Без категории"

Выбрав необходимую категорию дереве категорий (в левой части страницы) в блоке справа откроются данные для настройки выбранной категории.

На вкладке "Основное" можно изменить название категории, добавить или поменять изображение, которое будет иллюстрировать категорию на витрине магазина, а также добавить или изменить краткое описание категории,

Во вкладке "Товары в категории" можно добавить уже созданные товары в редактируемую категорию, удалить все товары из категории, а также перейти к созданию товара.

При нажатии на кнопку "Привязать товар" откроется окно "Добавление товаров". В окне можно сортировать товары по "артикулу", "названию товара" и "наличии категории" в алфaвитном порядке.
Для удобства сортировки можно убрать из списка все товары, уже имеющие категории, нажав на кнопку "Показать товары без категорий".
Также возможен поиск необходимого товара вводом названия в поисковую строку, поиск осуществляется после ввода первых букв названия товара.

Привязать товар можно отметив галочкой один или несколько товаров, затем нажать кнопку сохранить, либо нажать напротив нужного товара кнопку "+".
При необходимости добавления нескольких товаров сразу, можно использовать кнопку массового выбора товаров

На странице могут быть отображены 5 товаров, для перемещения по списку используйте кнопки пангинации. После нажатии на стрелку отображаются следующие 5 товаров.

Добавленные в категорию товары можно удалить двумя способами:
1) нажав кнопку "Удалить все" - исчезнут все товары из категории,
2) Удалить выбранный товар из категории можно нажав на значок корзины, расположенного справа от каждого товара.

При нажатии на кнопку "Создать товар" вы перейдете в карточку создания товара.

при использовании данной опции (кнопка "Удалить категорию" категория вместе со всеми подкатегориями будет удалена.
Если в какой-либо из удаленных (под)категорий имеются товары, то они останутся без категории, они не будут удалены из системы. Статус их видимости ("скрыт"/"доступен") не изменится.
Товары, фигурирующие и в других категориях тоже, останутся по-прежнему в них.